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南京中医药大学始建于1954年，历经江苏省中医进修学校、江苏省中医学校、南京中医学院、江苏新医学院等历史时期，是全国建校最早的高等中医药院校之一，是江苏省重点建设高校，也是江苏省人民政府与国家中医药管理局共建高校。半个世纪以来，南京中医药大学为新中国高等中医教育培养输送了第一批师资、主持编写了第一套教材和教学大纲，培养并诞生了新中国中医药界最早的学部委员（院士），为新中国现代中医高等教育模式的确立和推广做出了重要贡献，被誉为“中国高等中医教育的摇篮”。 学校现有3个国家重点学科、2个国家重点（培育）学科、4个江苏省高校优势学科建设工程、14个国家中医药管理局“十一五”重点学科、19个国家中医药管理局“十二五”重点学科、8个江苏省重点学科。拥有中医学、中药学、中西医结合3个博士后科研流动站，25个博士点（一级学科博士学位点3个 、二级学科博士学位点22个）和44个硕士点（一级学科硕士学位点5个、二级学科硕士学位点39个），博士点覆盖中医、中药、中西医结合所有二级学科，具有博士生导师自审权和主干学科专业的教授评审权。学校现有5个国家级特色专业、6门国家级精品课程、2个国家级教学团队、1个国家级人才培养模式创新实验区、2个国家级实验教学示范中心、25部国家级规划教材（主编）。现已建成22所附属医院、5所中西医结合临床医学院，各类教学及毕业实习基地逾百所。 学校科研实力雄厚，是国家科技部新药临床试验研究（GCP）中心、国家教育部中药炮制规范化及标准化工程研究中心、江苏省植物药深加工工程研究中心、江苏省海洋药物研究开发中心、江苏省中药质量控制工程技术研究中心的依托建设单位。学校现有1个江苏高校协同创新中心、1个省部共建重点实验室、1个科技部国家中药临床试验研究（GCP）中心、1个教育部工程研究中心、1个江苏省中医药研究与新药创制中心、3个国家中医药管理局重点研究室、5个江苏省重点实验室、8个国家中医药管理局三级实验室、6个省级工程研究中心（工程实验室）、2个市级工程技术研究中心、2个校级重点实验室和1个SPF级实验动物中心。学校构建形成了“一个中心、四大板块”的科技平台布局，即江苏省中医药研究与新药创制中心和南京中医药大学科技园、南京高新技术开发区中药产业园区、中国医药城中医药研究院、江苏生命科技园，加快推进“产、学、研”结合，积极为地方经济发展服务。