[00035141]生物信息网上实验室 WebLab

　　成果简介： 　　生物信息网上实验室 WebLab是一个可以提供生物学数据管理和数据获取、文献管理以及生物信息计算资源等在线服务的整合平台。用户可以通过浏览器访问 WebLab 提供的用户界面，进行各种操作，例如用户只需要点击几下鼠标，就可以提交包含多个生物学计算任务的工作流请求，完成复杂的分析任务流程，有效屏蔽底层平台复杂性。 　　应用范围： 　　1） WebLab 可以为生物学研究者提供生物学数据管理和数据获取、文献管理以及生物信息计算资源等在线服务。 　　2） WebLab 采用分布式系统构架，目前已部署了包括 EMBOSS、 BLAST、 Phylip、HMM、Electronic PCR 等 238 个常用生物信息分析程序；收集了 Sequence Manipulation Suite 以及jalview等流行的轻量级在线小工具；提供系统树构建和蛋白质功能预测等实用分析流程，并对用户自定义工作流提供良好支持，不仅整合的分析工具多，并努力做到各个工具之间的无缝衔接。 　　3） 在用户数据空间方面，WebLab 为用户提供 My Data 存放分析数据；提供 My Literature 为用户提供文献管理，同时提供对不同格式全文检索；通过 My ToolBox 方便用户对常用工具进行管理。对于用户数据全部提供基于 web 的注释系统，并允许用户通过标签为各种空间提供不同视图。 　　4） WebLab 的另一大特色在于数据和知识共享。用户在 WebLab 上面存放的数据、文献以及自己定制的分析流程均可以用户或工作组为单位进行共享，极大方便了科研小组团队合作。 　　技术特点和技术优势： 　　1） WebLab 架构灵活，既可以安装到一台服务器上，满足单个实验室的具体需求，也可以采用分布式架构，部署到多台服务器上来支持大规模的应用。 　　2） WebLab 已部署了包括 EMBOSS、BLAST、Phylip、HMM、Electronic PCR 等 238 个常用生物信息分析程序；收集了 Sequence Manipulation Suite 以及jalview等流行的轻量级在线小工具；提供系统树构建和蛋白质功能预测等实用分析流程，并对用户自定义工作流提供良好支持，不仅整合的分析工具多，并努力做到各个工具之间的无缝衔接。 　　3） WebLab 通过 SOA协议框架与后台计算环境无缝整合，并集成了来自 EBI，NCBI，DDBJ 等国际著名生物信息中心的多个 Web Service 服务，丰富了WebLab 的计算资源。 　　4） WebLab 支持用户自定义工作流(workflow)，不仅整合的分析工具多，同时通过一组自适应规则，努力做到各个工具之间的无缝衔接。为了方便用户的日常分析工作，WebLab 还提供系统树构建和蛋白质功能预测等实用分析流程。 　　5） WebLab 支持用户数据及分析结果的在线管理，提供基于 web 的注释系统，并通过标签(Tag)支持多种视图(View)。 　　6） 与国际同类系统相比，WebLab 首次提供了完善的文献管理支持，用户可以对多种格式的文献进行全文检索，并支持与 EndNote、BibTeX 及 NCBI PubMed 等多个常用文献管理系统之间的导出/导入操作。 　　7） WebLab对基于工作组的知识共享(Teamwork-based knowledge sharing)提供了全面的支持，用户在 WebLab 上面存放的数据、文献以及自己定制的分析流程均可以以用户或工作组为单位进行共享，极大方便了科研小组团队合作。 　　技术水平： 　　国际先进水平，相关研究文章已发表在 Nucl. Acid. Research 杂志(SCI影响因子6.8)；分发版本已安装在瑞典 Uppsala University 及中国农业科学院，得到了国内外相关领域研究人员的高度认可。 　　应用实例： 　　WebLab 自发布以来已有大批用户群，共完成计算作业 60 万余次，其分发版本已成功部署在中国农业科学院研究生院及瑞典 Uppsala University 使用，包括瑞士、西班牙、新加坡、马来西亚等东盟国家在内的多家生物信息中心也计划安装WebLab 的分发版本。 　　技术服务内容： 　　（1）可以为用户提供 WebLab 定制安装服务， 　　（2）可以为用户提供在线收费计算及数据获取、管理服务， 　　（3）可以为用户提供在线文献管理服务。